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Alternatives à PubMed pour la recherche scientifique

Tout le monde connait Pubmed pour les recherches bibliographiques.
Pourtant, d’autres outils existent, permettant d’approfondir la recherche scientifique : Bioinformatics Zen donne plusieurs alternatives, dont voici quelques fonctionnalités traduites :

Google Scholar :

  • Classement des références par popularité (et non chronologique)
  • Richesse des liens (notamment, liste des articles ayant cités une référence)

Hubmed :

  • Visualisation graphique des articles liés

Connotea : (dont je vous avais déjà parlé)

  • Accès aux références de confrères, classées et commentées

ET Blast :

  • Recherche à partir de paragraphes entiers (et non de mots-clés) : par exemple un abstract ou un texte non publié
  • Recherche de revues susceptibles d’accueillir la publication

Nature Precedings :

  • Recherche dans des textes non publiés et communications personnelles

Scintilla ou PostGenomic :

  • Recherche dans des blogs scientifiques

Via Scienceroll

Veille bibliographique avec PubMed (« My NCBI »)

Les mails d’Amedeo (je vous en parlais en février) sont parfois indigestes, puisque reprenant toute la table des matières des revues. Résultat, il est facile de finalement rater une information intéressante au milieu de longs mails.
Il est possible de mieux cibler sa veille bibliographique, grâce au service My NCBI de PubMed.
My NCBI

Après inscription, il suffit d’enregistrer ses recherches « favorites » : à chaque publication d’un article correspondant, un email vous sera envoyé, avec un lien vers l’abstract.
Pratique pour se tenir au courant de ses sujets de prédilection… ou le référencement d’une de ses publications !

Un mode d’emploi en français de cette fonctionnalité est sur un site du Dr. Gilles Perrin sur la recherche médicale sur internet.

Zotero : mise à jour

Depuis le 28 mars, une nouvelle version de Zotero (dite béta 4, donc toujours en développement) est disponible.
Compte tenu du nombre d’améliorations et de corrections de bugs (voir le changelog sur le site de Zotero), il est plus que recommandé de mettre à jour…
Par ailleurs, le plug-in d’intégration dans word évolue lui aussi…

Enfin, de nouvelles démonstrations sont disponibles…

Bibliographie en ligne : Connotea

L’une des limites avec les logiciels de bibliographie est le fait que l’enregistrement se fait sur disque dur (EndNote ou Zotero par exemple). Or, certains d’entre nous travaillent sur plusieurs ordinateurs (bureau et portable par exemple) et/ou en plusieurs lieux (travail, domicile, bibliothèque, hôtel…) : il peut pourtant être important de pouvoir accéder à tout moment et de partout à ses références bibliographiques…
Des solutions existent déjà pour les « favoris » ou « marque-page » internet, avec un outil comme del.icio.us… Et bien, le même système existe pour enregistrer des références bibliographiques en ligne : Connotea (créé par Nature).

Connotea

Gratuit, après une inscription simple, Connotea permet, d’un simple clic sur un bouton à rajouter à son navigateur, d’enregistrer, directement à partir de Pubmed par exemple (mais pas seulement) une référence dans sa bibliographie en ligne, et d’accéder donc à sa base de donnée bibliographique de n’importe quel ordinateur connecté à internet.
Il est bien sur possible d’ajouter à chaque référence des commentaires et des mots-clés.

Une autre fonctionnalité intéressante est la possibilité de partager sa biographie, avec des collègues travaillant sur le même sujet par exemple (mais il reste possible de garder ses références « privées »).

Un film de démonstration est disponible sur le site…

Limite du système, il n’existe pas pour le moment d’intégration avec les logiciels de traitement de texte. Il est cependant possible d’exporter ses références sous un format reconnu par les principaux gestionnaires de bibliographie « logiciels »…

Finalement, la conclusion rejoindra celle du premier billet concernant Zotero : le jour où les deux seront liés, et l’intégration de Zotero aux traitements de texte finalisée, nous aurons à notre disposition un outil de bibliographie GRATUIT sans concurrence !

Traitement des occlusions veineuses rétiniennes

Certains d’entre nous restent souvent peu interventionistes devant une occlusion veineuse rétinienne (en dehors de la photocoagulation en cas d’ischémie rétinienne ou des injections intravitréennes de corticoides en cas d’oedème maculaire…).
Un article vient de paraitre dans Ophthalmology pour illustrer cette attitude, méta-analyse des études parues dans la littérature sur le domaine : non seulement, les études interventionnelles « sérieuses » (=contrôlées) ne sont pas nombreuses, mais surtout ne permettent pas actuellement de proposer grand chose d’autre (autrement dit, avec un fort niveau de preuve) pour les formes centrales. En voilà l’abstract :

TOPIC: To assess the evidence for the effectiveness of interventions to improve visual acuity (VA) and prevent or treat neovascularization secondary to central retinal vein occlusion (CRVO).
CLINICAL RELEVANCE: Central retinal vein occlusion is a common cause of visual morbidity and blindness. Many different interventions have been advocated, but the evidence justifying their use remains unclear.
METHODS/LITERATURE REVIEWED: English and non-English language articles were retrieved using a keyword search of Medline (1966 onwards), Embase, the Cochrane Collaboration, the National Institutes of Health Clinical Trials database, and the Association for Research in Vision and Ophthalmology (2003-2005). This was supplemented by manually searching references of review articles. Two investigators independently identified all randomized clinical trials (RCTs) on interventions in CRVO with more than 3 months’ follow-up.
RESULTS: Of 4133 citations retrieved, 17 RCTs comparing intervention with a control group were identified. There were 4 RCTs on laser photocoagulation. Grid macular laser photocoagulation did not improve VA in CRVO with macular edema. Prophylactic panretinal photocoagulation did not prevent angle and iris neovascularization in ischemic CRVO, but resulted in regression of angle and iris neovascularization and reduced progression to neovascular glaucoma. There were 4 RCTs that reported improvement in VA with inpatient hemodilution, 2 RCTs with no significant improvement, and 1 RCT showing deterioration in VA after outpatient hemodilution. Randomized clinical trials evaluating ticlodipine, troxerutin, and streptokinase showed a limited or no benefit.
CONCLUSIONS: This review found limited level I evidence for any intervention to improve VA in patients with CRVO. Panretinal photocoagulation resulted in regression of neovascularization. Hemodilution may improve vision in some patients, but the data conflict. More robust randomized controlled trials evaluating current treatments for CRVO are needed. The results of ongoing RCTs on intravitreal triamcinolone, anti-vascular endothelial growth factor agents, and chorioretinal anastomosis are awaited with interest.

Référence : Mohamed Q, McIntosh RL, Saw SM, Wong TY. Interventions for central retinal vein occlusion: an evidence-based systematic review. Ophthalmology. 2007 Mar;114(3):507-19, 524.